Razlogov za zmanjšanje in ogroženje števila pripadnikov omenjenih vrst je več. Ključne grožnje predstavljajo onesnaževanje kraškega sveta (intenzivno kmetijstvo, industrijski komunalni odpadki ter izpusti, urbanizacija, divja odlagališča) na območju podzemnih tokov. Posledično pride do slabše kvalitete naravnega habitata in s tem do krčitve in zmanjšanje življenjskega okolja.

Strupene in nevarne snovi, ki še posebej ogrožajo so umetna gnojila, pesticidi, težke kovine in drugi polutanti. Včasih pa je lahko vzrok tudi neodgovorno izkoriščanje podzemske vode za industrijo in kmetijstvo, ki zmanjšuje zaloge podzemske vode.

Na ravni Evropske unije je človeška ribica uvrščena v Dodatek II in Dodatek IV Direktive o ohranjanju naravnih habitatov ter živečih živalskih in rastlinskih vrst – skrajšano Direktiva o habitatih (92/43/EEC)